（1）沒有推出適應當地條件的特色矮化砧木；我國雖然也選育出了許多矮化砧木，如山西的SH系、吉林的63-2-19等，但均未在生產上大面積推廣蘋果樹苗，沒有形成自己的特色矮化砧木。
（2）樹形不適宜，良砧與良法不配套；過去我國矮化蘋果推廣多主枝的高大樹形，如改良紡錘形、自由紡錘形和不規范的細紡錘形。而國外多推廣高紡錘形、超細紡錘形、圓柱形等。由于我們在樹形方面研究不夠，推廣喬化樹形，使矮化樹不矮，果園密閉，光照極差，使人們對矮化的效果產生了懷凝。很多矮化果園采用的仍是喬砧老果園的整形修剪技術，而沒有針對矮化砧樹的特點開發出一套與之相適應的技術。
（3）栽植密度不適；建園時不以砧木的矮化程度選擇合適的栽植密度。在沒有適宜技術的前提下，過分強調高密度、早豐產，是導致果園密閉的最重要原因。如在水肥條件優越的河南豫東平原地區，用M26作中間砧，只能采用中密度栽植，株距依品種不同應變化于2-3m之間。如對于紅富士、華冠等品種，株距不應小于2.5m，否則就會有栽植過密的風險。
（4）中心干生長弱、樹干歪斜；國內栽培矮化蘋果樹，多沿用喬化技術，一般不設立支柱。并且，栽植后從飽滿芽處定干，不去除競爭枝，有些還利用競爭枝讓提早結果，常常是主枝直徑接近中央領導干直徑，造成中央干上不去,易歪斜。這一現象多發生于立地條件差、管理粗放的果園。
（5）果園地下管理較差； 矮化蘋果栽植后，多年進行間作，嚴重影響幼樹發育和樹形培養；果園不是多年不施肥，營養不良，樹體弱，就是多施氮肥，結果晚，樹體生長越旺，控冠越困難，果園密閉的問題出現。一些果園，在十分干旱時，無灌溉條件，影響樹體生長和結果。
（6）中間砧入土過深，矮化變成喬化；在生產中發現，矮化中間砧的入土長度與樹冠大小關系也十分密切，矮化中間砧全部埋入地下，蘋果樹體生長旺盛，并且品種段生根，加速樹體生長，矮化變成喬化。中間砧全部露出地面，矮化作用強，幼樹生長緩慢，中干上不去,易歪斜。再之，部分中間砧生根，就相當于把矮化中間砧縮短了，也會不同程度的降低矮化效果。由于果農對栽植技術執行不嚴格，再加之挖栽植坑大小不一，栽后中間砧有一個下沉過程，造成矮化果園中間砧入土深度不一，許多果園不是中間砧入土過深，樹冠大，矮化樹不矮化，或是中間砧入土過淺，樹冠小，矮化樹太矮化，果園表現出樹冠大小不一,整齊度差。
（7）結果早,易早衰；由于矮化蘋果栽后2～3年，樹體就形成花芽，開花結果。許多果農見花留果，提早豐產。再加之我國矮化蘋果栽植多為2年生小苗，且栽后行間多年間作，造成幼樹生長緩慢。在早結果、早豐產的影響之下，出現了矮化樹早衰的現象。
（8）苗木質量差，整形難度大；多年來，果農購蘋果苗喜歡價格低，育苗戶希望快速育苗等多種原因導致矮化蘋果苗以2年出圃為主，苗木質量差，栽后結果晚，適應性差，整形難度大。
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